 在三清山花岗岩体的内部，主要发育两组方向的垂直节理，其一为北东—北北东走向、其二为北西走向，二者构成棋盘格式的组合方式。这些节理裂隙构造均具张—剪性特征，密度稀，强度大，延伸长，切割深，呈带状产出，是三清山花岗岩成景的主控改造。另外区内还发育一组近水平节理，它们共同组成的裂隙网络，经冲刷剥蚀风化作用，形成各种造型独特的景观。节理的构造形迹在大多数的峰林景观中均可见及。前者自南西往北东，整体走向具有由收敛至撒开的趋势，在宏观上形成似帚状产出，发育规模较大，在空间上往往呈带状展布，是控制西部峰墙（西海重墙、九天长城等）和南部峡谷（福寿门、一线天等）的主要构造。后者总体走向北西向，往南东部略转向近南北，其规模自北往南逐渐加大，且呈带状产出，是控制中部峰柱、南东部峰墙及部分峡谷的主要构造。另外花岗岩中还发育一组近水平节理，是造型石景的主控构造，即峰墙、峰柱等景观经水平节理切割和风化剥蚀冲刷作用，形成各种造型独特的景观 |
| 三清山属于东亚植物区的中国—日本植物亚区中的华东地区，植物区系组成丰富，垂直分布比较明显。已查明高等植物253科984属2373种，其中苔藓植物65科165属368种；蕨类植物34科71属179种；裸子植物6科22属24种；被子植物148科726属1802种，是中国亚热带地区植物种类最丰富的地区之一，也是世界松科黄杉属的分布中心。该地区的菌类和地衣植物的分布也非常突出。三清山的植物不但物种丰富而且保存大量的珍稀品种，其中属于《国家重点保护野生植物名录》的有19种，属于《中国植物红皮书》的有19种。不仅如此，三清山还保留了许多树龄在百年以上甚至千年以上的古树 。 常绿阔叶林是三清山的地带性植被，分布在海拔800米以下的低山丘陵区；常绿与落叶阔叶混交林是中亚热带向北亚热带过渡性植被，主要分布在海拔800-1400米的山坡沟谷；山地矮曲林是三清山植被的精华，主要由杜鹃花科的猴头杜鹃、黄山杜鹃、灯笼花和满山红等种类构成，集中分布在海拔1000-1800米的坡地沟谷；针叶林主要分布在海拔1100米的风门和海拔1530米的三清宫及附近地段；山地草甸主要分布海拔1550米的九天应元府附近；沼泽分布海拔1530米的三清宫北部和山麓局部地区。 |
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