清朝提高了达赖喇嘛在政权体系的地位，以前是规定郡王居首要行政地位、达赖喇嘛是居宗教领袖地位、驻藏大臣主要是监理政务，此后达赖喇嘛和驻藏大臣的地位都得到提高、都居于首级地位--以达赖喇嘛和驻藏大臣的共治体制取代郡王的独揽大权，在西藏不再设立郡王。打退廓尔喀两次入侵西藏的事件后，乾隆五十八年(1793)福康安会同各方面人士制定了全面管理西藏的章程和实施细则，即《钦定藏内善后章程》，规定驻藏大臣总理西藏政务，名称由"钦差驻藏办事大臣"，变为"钦命总理西藏事务大臣"，加强了驻藏大臣对西藏一些传统的改革，以适应恶劣的全球新形势。 
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